La Missaglia Sportiva nasce nel 1995 ed è l'erede del vecchio Missaglia che aveva pure disputato 5 stagioni in Promozione tra gli anni Ottanta e Novanta. Il "nuovo" Missaglia invece, comincia il suo cammino vincendo subito la Terza categoria (1996/97) e salendo poi in Prima nel 2004. Nel 2006/07 i  biancazzurri sono protagonisti di un’avvincente rimonta, culminata con la sconfitta nella finale play off. Nonostante questo, il Club viene ripescato in Promozione. Il sogno dura però una sola stagione e, nel 2007/08, il Missaglia retrocede ai playout e torna subito in Prima. Al termine delle ultime stagioni, dal 2010 al 2014 si ritrova in seconda categoria, sfiorando più volte la promozione. Nel 2015 la società è cresciuta moltissimo, attraverso la valorizzazione della scuola calcio e di tutto il settore giovanile, valorizzando i campus estivi e la programmazione per i più piccoli, ponendo le basi per un importante futuro.